Rayquaza es un dragón serpentiforme con dos extremidades superiores, nueve pares de alas aparentemente rígidas (dos en la cabeza: las superiores mayores que las inferiores; cuatro repartidas en dos gruesos anillos que rodean su cuerpo; uno en su abdomen y dos en el extremo final de su cola) que según parece le sirven para dirigir el aire alrededor suyo y cambiar de dirección mientras vuela (el mismo sistema utilizado por los aviones, algo lógico pues ambos operan a grandes alturas). Su cuerpo es verde salvo ciertos retoques rojizos y una serie de líneas amarillas que adornan su figura.
Comportamiento
Es un Pokémon muy territorial, no dudará atacar a cualquier intruso en su territorio, como se demuestra en la película Destino de Deoxys, ya que, cuando cae el meteorito donde estaba Deoxys va rápido a atacarlo cuando salió de su meteorito. A pesar de esto es muy tranquilo y poderoso, tanto que es capaz de detener a Groudon yKyogre cuando están combatiendo.
Habitat
Vive en la estratosfera y a menudo baja al Pilar Celeste. Se siente muy cómodo en presencia de ozono.
Alimentacion
Se alimenta de las partículas de agua que se encuentran suspendidas en el aire.
Historia
Rayquaza vivió durante un larguísimo período de tiempo en la capa de ozono; pero eso cambió cuando se produjo el cataclismo de la lucha entre Groudon y Kyogre, Groudon con el poder que ejercía sobre la tierra provocando terremotos y erupciones que emitieron gases invernadero (aumentando la temperatura, a esto se suma la habilidadsequía), y Kyogre con el poder que ejercía sobre el mar provocando lluvias torrenciales (habilidad llovizna) y tsunamis, pero Rayquaza, siendo el que mantiene el equilibrio del cielo y la atmósfera, con su habilidad bucle airehizo que sus poderes de lluvia y sol fuesen nulos, y usando su poder, luchó contra ellos haciendo que durmieran y arreglando el desastre que causaron.
Cientos de millones de años después de eso, Rayquaza se estableció en el Pilar Celeste.
Rayquaza mantiene el equilibrio del Cielo. Él es el único que puede estar despierto, pues tiene una naturaleza pacífica mientras no le molesten, en cambio Groudon y Kyogre son enemigos, lo que hace que al despertarse se vuelvan agresivos y se estimule su poder sobre el cielo. La única manera de mantener el equilibrio es que esos dos Pokémon estén dormidos, o que estén capturados por un entrenador sin malos motivos.